La Ermita original se denominaba ermita de la Ràpita. Estaba situada en la entrada del actual calvario. Era una edificación de una sola nave rectangular de 11 metros de longitud por 7 de ancho. Se dividía en dos partes iguales en el sentido de su eje mayor por tres arcos apuntados. Se cubría con una techumbre de madera a dos aguas. En el interior tenía como decoración principal dos cuadros, el retablo de San Francisco y otro dedicado a la Virgen de los desamparados. Las paredes eran lisas y decoradas con una pinturas a trepa en color azul (realizadas ya en el s. XIX) y salvo una banco de piedra que la recorría en su totalidad.

El conjunto se completaba con un cuadro de la Virgen del Rosario con Santo Domingo y Santa Rosa y otro de la Virgen. Adosado a la parte derecha de la ermita existía un pequeño ermitorio, donde residieron en algunos momentos de su historia varios ermitaños.

La construcción de la nueva ermita se inicia en el año 1912 con la colocación de la primera piedra el día 5 de mayo, y se finaliza a mediados de 1913. El 18 de noviembre de ese año la ermita se derrumbó. Nuevamente se inició la construcción de una nueva ermita por parte de los naqueranos el día 12 de junio de 1917, que se finalizó en el año 1921. La construcción es obra de los naqueranos que aportaron su mano de obra, el material y recursos económicos dependiendo de las posibilidades de cada uno.

Es un edificio neogótico de pequeñas dimensiones con una nave sin capillas laterales. El espacio se cubre con tres tramos de bóvedas de crucería con clave en la unión de los nervios, y separados entre sí por un arco fajón que se apea en una ménsula a mitad de la pared.

La sacristía se cubre con una bóveda de cinco paños que se apoya en vigas de madera vistas. Las únicas oberturas al exterior que tiene el edificio son los óculos, que recientemente (2002) se han tapado con vidrieras alusivas a San Francisco, santo patrón del municipio y al que está dedicada la ermita. La decoración interior de la misma es muy austera, careciendo por completo de ella, salvo las ménsulas que sirven de apeo a los arcos fajones. El altar, también de estilo neogótico, es obra del tallista D. Miguel Romeo.

El exterior es completamente liso y sin ningún elemento decorativo salvo en la portada. La puerta se ha destacado en la parte alta con una moldura de yeso en forma de arco apuntado marcando el arco en el que se inserta la puerta. Por encima de éste y dentro de una hornacina se colocó en el año 1998 una imagen de la estigmación de San Francisco en azulejos de cerámica, donada por los clavarios de San Francisco.

El entorno de la ermita se completa con el calvario que está situado justo en la explanada delantera. Está formado por 14 casillas rectangulares de ladrillo y rematadas por una techumbre a cuatro vertientes con tejas vidriadas azules con los ángulos en blanco. En la parte delantera se sitúa, dentro de una hornacina, una escena de la pasión realizada en azulejo. La construcción del calvario se inició en el año 1886, pero no se inauguró hasta el año 1922 junto con la ermita. Sustituyó a un calvario antiguo que se situaba en la parte izquierda de la senda de acceso a la ermita y se iniciaba en la calle lavadero.